黄柏与黄连同样含较多的小檗碱，故其药理作用亦大体相似，参见黄连条。但含量较黄连低，并含有其他成分，作用亦有些差异。
　　1.抗菌作用：
　　黄柏抗菌有效成分为小檗碱，故其药理作用与黄连大体相似，但含量较黄连低。体外试验对金黄色葡萄球菌、肺炎球菌、白喉杆菌、草绿色链球菌、痢疾杆菌（宋内氏除外）、溶血性链球菌、脑膜炎球菌、霍乱弧菌、炭疽杆菌均有效或有较强的抑制作用；对枯草杆菌、百日咳杆菌、破伤风杆菌亦有抑制作用；对H37Rv、鸟型结核杆菌无直接抑制作用，但可使菌数减少，但浓度达1%时呈现抑菌作用。在用豚鼠接种人型结核菌（H37Rv）作实验治疗时，口服或注射的疗效均很差。对接种牛型结核菌的豚鼠，黄柏提取物的盐酸结晶物肌肉注射时，有一定疗效。黄柏对结核病人的临床症状及X线检查有好转，且优于黄连。在试管中，黄柏煎剂或浸剂对常见的致病性真菌有不同程度的抑菌作用。其水煎剂不能杀死钩端螺旋体（剂量需较黄连大I倍）。在体外对阴道滴虫也有弱的作用。据报道，黄柏酸碱法提取物制成1：1黄柏液，用灌肠法可治疗菌痢，一般2-4天可痊愈。黄柏理疗液用直流电导入治疗慢性前列腺炎，总有效率达97.3%。
　　2.抗真菌作用：
　　关黄柏和川黄柏的乙醚浸提物对新型隐球菌和红色发癣菌具有较强的抑菌作用，其作用比制霉菌素强，但对白色念珠菌的抑制作用比制霉菌享弱。
　　3.镇咳作用：
　　黄柏果实的挥发具有镇咳作用，其镇咳成分主要为香叶烯。并从挥发油中分得小檗碱和5，5'－二甲基糠醛醚。
　　4.降压作用：
　　黄柏对麻醉动物静脉注射或腹腔注射，可产生显著而持久的降压作用，颈动脉注射较静脉注射的更强，因此降压可能是中枢性的。对季铵型的黄柏碱加以改变而合成的叔胺型的化合物名昔罗匹林（Xylopinin）亦可引起迅速、显著之降压；在Ⅰ-Ⅱ颈椎间切断脊髓则降压消失，因而也证明降压属中枢性的。此外，昔罗匹林有较强的抗肾上腺素样作用，对压迫颈动脉、窒息、电刺激大内脏神经引起的升压反应及注射肾上腺素或电刺激颈上交感神经节引起的瞬膜收缩反应均受到抑制。
　　5.抗滴虫作用：
　　黄柏煎剂，10%浓度与滴虫液1：1混和培养，对阴道毛滴虫有抑制作用。
　　6.抗肝炎作用：
　　黄柏煎剂6.25-100%体外试验，对乙型肝炎抗原有抑制作用。黄柏碱对慢性肝炎有一定作用。
　　7.对免疫功能的影响：
　　黄柏煎剂，100%浓度，0.3ml/只灌胃，连续7天，能增加小鼠脾空斑形成细胞数。
　　8.抗溃疡作用：
　　黄柏提取物（去小檗碱）100mg/kg 皮下注射，100、1000mg/kg 灌胃或皮内注射，对乙醇、阿斯匹林或幽门结扎诱发的大鼠胃溃疡有抑制作用。
　　9.其它作用：
　　黄柏碱和昔罗匹林对中枢神经系统有抑制作用，小鼠的自发活动、各种反射均受到抑制；给予未麻醉家兔昔罗匹林，脑电波可出现振幅慢波。黄柏碱有轻度的箭毒样作用，对蛙腹直肌紧张度无影响，但能抑制由乙酰胆碱引起的收缩反应。对离体兔肠，黄柏粉可增强其振幅，黄柏酮可增强其张力及振幅；黄柏内酯则抑制肠管。在带有胰瘘的家兔身上，黄柏有促进胰腺分泌的作用。黄柏内酯在接近致死量（0.05-0.1g/kg）时，可降低兔血糖，黄柏酮无此作用。据称黄柏酮有保护血小板的作用。黄柏对孑孓（10ppm在18小时内可杀死62%）、家蝇有杀灭作用。此外，还有利尿、健胃、外用促进皮下溢血吸收等作用。
黄柏在高心病特效验方高心汤中的药理作用：清热燥湿，泻火除蒸，解毒疗疮。用于湿热泻痢，黄疸，带下，热淋，脚气，痿辟，骨蒸劳热，疮疡肿毒，湿疹瘙痒。盐黄柏滋阴降火。用于阴虚火旺，盗汗骨蒸。