一、自身免疫反应
多数学者认为本病属于自身免疫性疾病。因为本病并发自身免疫病（如自身免疫性溶血性贫血）者较多， 肾上腺皮质激素能使病情缓解，在部分患者的血清中可查到抗结肠上皮细胞抗体，所以认为本病的发生可能与自身免疫反应有关。另外，某些患者感染肠道菌后，可与结肠上皮细胞抗原起免疫反应，损伤结肠粘膜，并且患者的淋巴细胞对胎儿结肠上皮细胞有细胞毒作用，提示怀疑结肠炎的发生还可能与细胞免疫异常有关。
现实生活中工作压力大，心理负担重，以及情绪紧张的时候，人们往往容易生病，原因何在？专家认为，这就是植物神经系统影响免疫系统的表现。当植物神经系统功能紊乱时，免疫系统的功能就会紊乱，进而出现各种顽固性疾病。
比如：副交感神经正常活动，可以促进唾液、胃液、肠液、胰液与胰岛素分泌，当副交感神经活动减弱和持续时， 肠液减少导致肠道菌群失衡，结肠炎久治不愈， 而“神经免疫剂”对调节交感神经和副交感神经有特效作用，用它来治疗结肠炎取得了意想不到的疗效。
二、感染
本病的病理变化和临床表现与一些结肠感染性疾病（如细菌性痢疾）相似，因而有些人认为感染是本病的病因。在细菌、真菌和病毒等多种因素中，目前的研究表明病毒的可能性较大。
三、遗传
本病的血缘家庭发病率较高，据欧美文献统计，溃疡性结肠炎病人的直系血缘亲属中，约15-30%的人发病。此外双胞胎的研究表明，单合子比双合子更容易发病，提示本病的发生可能与遗传因素有关。
四、神经精神因素
有人认为精神因素在发病中起一定作用，患者多有某些性格特征，对于生活中重大事件的心理承受能力和适应性差，属心身疾病一类，心身疾病强调心里因素在疾病的发生或病程中起重要作用，有人将7种疾病列为心身疾病，即：哮喘，类风湿性关节炎，溃疡性结肠炎、原发性高血压，神经性皮炎、甲状腺功能亢进和十二指肠溃疡。目前可能有更多疾病被列为心身疾病。
五、肺与大肠的表里关系
我多年从事足部反射区诊断按摩实践中深切领会到了中医理论的正确性，凡是多年久治不渝的结肠炎患者的肺反射区都有很明显的痛疼感。而通过对肺脏功能的调整来治疗结肠炎的效果显著。
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从医50载，孔彪儒教授
杰出贡献之肠炎康复汤 |
孔彪儒，我国著名中医教授，从医50年救人无数。借鉴祖辈世代行医治病经验及现代医学理论和数十年的临床实践，遵循“科研服务临床”的指导思想，经过不断研究—试验—提高—完善，成功研制出治疗结肠炎的特效中药验方——孔氏肠炎康复汤。
中医认为，结肠病多因情之所伤，肝失疏泄，横逆犯脾，导致肝脾不和；或过食肥甘，损伤脾胃；或素为湿热内蕴之体，复因饮食生冷；或感受署湿之邪，再伤于脾，均使脾之运化失常，水湿内生，郁而化热，湿热壅结大肠，腑气不利、气血凝滞、壅而无脓。本病病位在肠，但与肝、脾、肾功能失调关系密切。因此在治疗方面，如果仅针对肠道进行治疗，可能对近期症状缓解有一定帮助，但对疾病的彻底康复上，无任何帮助，使患者走上好转－复发，再好转－再复发的道路.....
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